Le chiese di Melfi furono tantissime e più volte modificate nel tempo. Molte sono scomparse a causa dei ricorrenti terremoti, altre furono destinate a scopi diversi nel corso delle varie modificazioni del tessuto urbano, altre ancora cambiarono semplicemente dedicazione e intestazione.

Lo stesso accadde ai numerosi monasteri, seminari, istituti di educazione, cura e ospitalità gestiti nel corso dei secoli da diversi ordini, confraternite e opere religiose. Grazie all’azione di queste organizzazioni, Melfi ebbe fin dal medioevo il privilegio di offrire alla comunità e ai forestieri servizi essenziali come l’ospedale, gli alberghi, il servizio di sepoltura dei defunti e istituti scolastici ed educativi di cui ancora oggi va fiera.

Servizi che si aggiungevano agli istituti civili per l’amministrazione della giustizia, la diffusione della cultura e la conservazione dei documenti o la riscossione dei tributi in tutto il territorio, alcuni risalenti all’epoca di Federico II come il tribunale con corte d’appello, l’archivio regio e la dogana di riscossione delle decime per conto della grande Dogana delle Pecore di Foggia.

Oltre alle chiese nella cerchia cittadina vanno menzionate le chiese poste fuori dalle mura. Oltre alle chiese rurali di San Rocco, San Giorgio, dell’Incoronata e di Macera ancora esistenti e di San Marco, ormai scomparsa lungo la fondovalle della Melfia, vanno ricordate le numerose cripte rupestri risalenti a varie epoche. Le più note sono: Santa Margherita, Santa Lucia dei Giaconelli, Spinelle, Crocifisso e Spirito Santo.

Di epoca recente, infine, sono le chiese parrocchiali del Sacro Cuore nel rione Valleverde e di Santa Gianna Beretta Molla nel rione Bicocca.