Sempre nel lato destro del transetto si trova l’altare delle reliquie, che in tre tabernacoli chiusi da vetrate riquadrate conserva 35 reliquiari donati dal vescovo Diodato Scaglia, in carica dal 1626 al 1644. Al centro è il busto contenente i resti di Sant’Alessandro Martire, patrono della città. Tutte le reliquie provengono dalle catacombe di San Callisto a Roma.

Sopra l’altare una tela di De Matteis, degli inizi del ’700, raffigura il santo prossimo al martirio. La firma dell’autore è apposta sul fodero della spada del carnefice. Un nastro dorato sotto il quadro ricorda la presenza del protettore con la scritta:

Hic est qui orat pro populo

(Qui è colui che prega per il popolo).

In alto, una lapide dei sette decurioni della città, datata 1748, riporta l’intitolazione dell’altare al Santo Patrono “affinché custodisca la città“.

Nei primi secoli patrono della città fu San Bartolomeo. La tradizione narra che agli inizi del Seicento i cittadini di Melfi chiesero al papa di scegliere un patrono principale. Si procedette dunque a sorteggio tra una grande quantità di nomi e dall’urna venne fuori quello di Sant’Alessandro. Non essendo conosciuto, i cittadini chiesero di rifare il sorteggio mettendo nuovamente il nome dell’urna, ma questo venne fuori una seconda volta e poi una terza, per cui si accettò l’indicazione come divinamente ispirata e le reliquie di Sant’Alessandro furono traslate dalle Catacombe di San Callisto in Roma fino a Melfi.