Nel lato sinistro del transetto è ancora visibile l’antico accesso barocco alla cappella di Nazareth, una costruzione del’600 abbattuta all’inizio del XX secolo per ridare visibilità al campanile. Oggi la nicchia cieca ospita il presepe. Dal transetto, attraverso un archetto gotico, si accede alla torre campanaria.

Sulla parete opposta, incorniciato da un altare del ’700, si trova un affresco in stile bizantino che rappresenta una Kiriotissa bizantina, cioè una Madonna in trono con Bambino in posizione ieratica. L’affresco è di incerta datazione, non essendo possibile risalire con certezza all’epoca della parete su cui è stato raffigurato. Potrebbe essere stato dipinto nel Cinquecento, epoca in cui Melfi è stata ripopolata da comunità albanesi provenienti dai Balcani, ma non è escluso che sia presente da epoche precedenti e più vicine alla fondazione della Cattedrale. La raffigurazione è completata dalla presenza degli arcangeli Gabriele e Raffaele.