Le cappelle laterali lungo la navata sinistra sono state tutte abbattute e oggi sono visibili nuovamente gli antichi archi ciechi di epoca medievale, a sesto acuto. Durante i restauri sono tornati alla luce anche brani di affreschi secenteschi che ritraggono Santa Chiara e San Francesco con San Giovanni, a testimonianza del culto francescano particolarmente sentito in città fin dai primi secoli, con la presenza nel tempo degli Osservanti, dei Conventuali, dei Cappuccini e delle Clarisse.

La porta laterale di ingresso alla basilica è risalente probabilmente al periodo del feudo fiorentino degli Acciaioli, identificabile dai gigli scolpiti alla base degli stipiti. La porta per alcuni decenni è stata sormontata da due formelle contrapposte con bassorilievi in pietra vulcanica, una interna e l’altra esterna, provenienti dalla scomparsa chiesa di Sant’Agostino e oggi esposte nel lapidarium del Museo Diocesano.

In prossimità della porta è stato posizionato un antico fonte battesimale proveniente dalla vicina chiesa di Santa Lucia.