Alle spalle dell’altare maggiore è stato realizzato nel 1472 un braccio rettangolare che accentua l’impianto ecclesiale a croce latina, abbattendo l’originale abside curva romanica. L’ambiente è dominato dall’organo commissionato nel 1540 dal vescovo Acquaviva, sotto il quale si trova la tribuna e il coro in due ordini di posti voluto dal vescovo Mario Rufino nel 1547, riconoscibile dallo stemma gentilizio sul trono. La cassa dell’organo fu rifatta dal vescovo Spinelli durante la grande ristrutturazione del 1723.

Quattro trionfi di santi decorano invece la volta lignea a botte del coro, opera di Andrea Miglionico. Nell’ordine, partendo dalla parete di fondo si riconoscono San Gennaro, L’Assunta, Sant’Antonio e San Pietro con Sant’Alessandro. Putti, immagini bibliche e allegoriche completano la decorazione nei riquadri laterali.