L’altare maggiore, come molti altari delle cappelle laterali, è in marmo policromo lavorato a intarsio e risale al 1752. Fu edificato in sostituzione di un antico altare basilicale e del retrostante tempietto della Madonna. Da una finestrella posta al centro si può vedere il corpo di San Teodoro Martire, racchiuso in una teca, proveniente dalle Catacombe di Priscilla in Roma su iniziativa del vescovo Basta. La reliquia è visibile anche dal retro, protetta da sportelli in legno.